คำว่า  food intolerance นั้นไม่ได้เกิดจากปฏิกิริยาทางอิมมูน แต่เกิดความผิดปกติทางเมตาบอลิซึม ที่ทำให้ไม่สามารถย่อยอาหารชนิดนั้นได้สมบูรณ์ มักจะมีอาการเล็กน้อย ไม่รุนแรง เช่น ภาวะท้องเสียจากขาดเอ็นไซม์ แลคโตส (lactose intolerance) ซึ่งอาการที่พบได้แก่ ถ่ายเป็นน้ำ ท้องอืด มีแก๊สในท้อง ลำไส้แปรปรวน นอกจากนี้อาจมีอาการจากไม่สามารถย่อยอาหารกลุ่มคาร์โบไฮเดรตซึ่งมีการดูดซึมในลำไส้ได้น้อย และมักอุดมไปด้วยน้ำตาลจากธรรมชาติสูง (Fermentable Oligosaccharides Disaccharides Monosaccharide and Polyols; FODMAPS) โดยคนไข้จะมีอาการท้องอืด ปวดท้อง ท้องเสีย หลังทานอาหารในกลุ่มนี้ หรืออาจเกิดไมเกรน  จากหลังทานอาหารบางชนิด เช่น แอลกอฮอล์, ช็อกโกแล็ต, ชีส, ผงชูรส, แอสปาแตม, คาเฟอีน, ถั่ว และอาหารที่มีส่วนผสมของไนไตรท์
 

อาหารที่ทำให้แพ้ได้บ่อยในเด็ก ได้แก่ นมวัว นมถั่วเหลือง ไข่ อาหารทะเล แป้งสาลี ถั่ว  เป็นต้น ส่วนอาหารชนิดอื่นอาจทำให้แพ้ได้ และพบมากในผู้ใหญ่ได้แก่ เช่น อาหารทะเล ถั่ว ผลไม้บางชนิด เนื้อสัตว์